Online Learning- Online Bioinformatics / Computational Biology

Ten Simple Rules for Online Learning
David B. Searls


The success of online courseware such as that offered by the Massachusetts Institute of Technology (MIT) (http://ocw.mit.edu) and now by many other institutions, together with a plethora of recent announcements of major new initiatives in this arena such as Coursera (https://www.coursera.org), Udacity (http://www.udacity.com), and the Harvard-MIT partnership edX (http://www.edxonline.org), have made it clear that online learning has reached a tipping point. Many signs point to the possibility in the near future of getting a quality, university-level education at a distance, and for free. As exciting as this prospect may be, it behooves online students to follow a few simple rules for getting the most out of the experience, while being realistic in their expectations, as outlined below.

• Rule 1: Make a Plan
• Rule 2: Be Selective
• Rule 3: Organize Your...
• Rule 4: Do the Readings
• Rule 5: Do the Exercises
• Rule 6: Do the...
• Rule 7: Exploit the...
• Rule 8: Reach Out
• Rule 9: Document Your...
• Rule 10: Be Realistic

An Online Bioinformatics Curriculum
David B. Searls


Online learning initiatives over the past decade have become increasingly comprehensive in their selection of courses and sophisticated in their presentation, culminating in the recent announcement of a number of consortium and startup activities that promise to make a university education on the internet, free of charge, a real possibility. At this pivotal moment it is appropriate to explore the potential for obtaining comprehensive bioinformatics training with currently existing free video resources. This article presents such a bioinformatics curriculum in the form of a virtual course catalog, together with editorial commentary, and an assessment of strengths, weaknesses, and likely future directions for open online learning in this field.

Developing an online programme in computational biology
Heather M Vincent and Christopher Page


Much has been written about the need for continuing education and training to enable life scientists and computer scientists to manage and exploit the different types of biological data now becoming available. Here we describe the development of an online programme that combines short training courses, so that those who require an educational programme can progress to complete a formal qualification. Although this flexible approach fits the needs of course participants, it does not fit easily within the organizational structures of a campus-based university.

istediğin renkte yazan kalem

akıllı tasarım budur

çalışılan dizinin herhangi bir üst dizininin yolunu bulmak-MATLAB

mypwd=pwd; % çalışılan dizin

arananPath=mypwd(1:regexp(pwd, 'arananUstDizin','end'));

cd(aranPath) % aranan dizine gider
dc(cd(aranPath)) % aranan dizine gider ve döner

döngüsüz sıklık analizi -Frequency, number of occurrence without loop- MATLAB

[n xout]=histc(x,unique(x))

 hist(n)

This gives the frequency of each value that occurs in the vector x and histogram

Matris içindeki arama sonuçlarının x,y koordinatları

D matris, değeri 0 olan hücrelerin koordinatları:

[x y] = ind2sub(size(D),find(D==0))

Do-While döngüsü- Matlab

Matlabda do-while döngüsü yok :)

yapmanın bir yolu ise şu: while döngüsünü başlatacak, ilk değeri true olan bir değişken tanımlanır. döngünün içinde bu değişken false yapılır. While 2. döngüde artık sadece şarta göre hareket eder.

güzel çözüm :D

first=true;
while(first || condition)
first=false;
% code
end


burda da baya bi tartışılmış http://www.mathworks.de/matlabcentral/newsreader/view_thread/169295

ULUSAL KONUŞMA VE DİL TEKNOLOJİLERİ PLATFORMU KURULUŞ - TÜRKÇE'DE MEVCUT DURUM ÇALIŞTAYI

6-7 Ekim 2011
TÜBİTAK - TÜSSİDE, GEBZE, KOCAELİ

www.multisaund.eu/calistaytr.php

TÜBİTAK (Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu) bünyesinde bulunan BİLGEM (Bilişim ve Bilgi Güvenliği İleri Teknolojiler Araştırma Merkezi), sahip olduğu kalifiye insan gücü ve uluslararası platformda kabul gören altyapısıyla bilgi güvenliği, haberleşme ve ileri elektronik alanlarında bilimsel ve teknolojik çözümler üretmekte ve uygulamaktadır. BİLGEM'e bağlı bir grup olan Konuşma ve Dil Teknolojileri Merkezi (KDTM), makine çevirisi, doğal dil işleme, ses ve konuşma işleme, metinden konuşma sentezleme, konuşma anlaşılabilirliği, haberleşebilirlik ve ses kalitesi ölçümü ile çoklu ortam işleme gibi konularda çalışmalarını yürütmektedir.

KDTM, hem ulusal hem de uluslararası boyutta birçok projede boy göstermektedir. Bunlar arasında bir Avrupa Birliği 7. Çerçeve Programı projesi olan ve bölgesel kalkınma odaklı FP7-REGPOT-2008-1 çağrısı kapsamında desteklenen MULTISAUND (MULTilingualism Integrated to Speech and Audio UNDerstanding) projesi de yer almaktadır. MULTISAUND projesinde hedef TÜBİTAK-BİLGEM'in Tükçe odaklı konuşma ve dil işleme AR-GE potansiyelinin geliştirilmesi ve Avrupa'da yürütülen çoklu dil araştırmalarının önemli bir paydaşı olmasıdır.

MULTISAUND hedeflerine paralel olarak KDTM'nin üstlendiği en önemli görevlerden biri de ülkemizde konuşma ve dil teknolojilerinde uzman araştırmacı, girişimci ve yatırımcı tüm paydaşlar arasında farkındalığı arttırmak ve birlikteliği sağlamaktır. Bu amaçla KDTM, ulusal konuşma ve dil teknolojileri platformunun kurulması ve Türkçe üzerine yapılan AR-GE çalışmalarının mevcut durumunun tartışılacağı bir çalıştay düzenleme kararı almıştır. Çalıştayın temel odağı Türkçe üstüne yürütülen AR-GE çalışmaların görünülürlüğünün arttırılması ve gruplar arası işbirliği temellerinin atılabileceği bir ortamın oluşturulmasıdır. Değerli araştırmacılarımızın katılımlarıyla zenginleşecek çalıştayda Türkçe üzerine yapılan çalışmaların günümüzdeki durumunun geniş kapsamlı olarak masaya yatırılması, ortak ihtiyaçların belirlenmesi ve Türkçe'nin üzerine yıllardır çalışılan diğer dillerle rekabet edebilir düzeye gelmesi için hedeflerin tanımlandığı bir yol haritasının çıkarılması planlanmaktadır.

6-7 Ekim 2011 tarihleri arasında TÜBİTAK - TÜSSİDE, Gebze, Kocaeli'nde düzenlenecek Ulusal Konuşma ve Dil Teknolojileri Platformu Kuruluşu - Türkçe Mevcut Durum Çalıştayı'nda katılımcıların çalışmalarını aktarabilecekleri kısa sunumlar, dünya çapında tanınmış akademisyenlerimizin vereceği konuşmalar ve ortak gereksinimler ile ileriye yönelik işbirliği olasılıklarının görüşülebileceği herkese açık oturumlar yer alacaktır. Çalıştayın hedefine ulaşabilmesi için katılımcıların genel hatlarıyla geçmiş ve şu an yürüttükleri çalışmalarını, gelecek planlarını, kişisel çalışmalarında gereksinim duyduğu araç ve yazılımları ve diğer katılımcılarla fikir alışverişinde bulunmak istedikleri konuşma ve dil teknolojileri kapsamındaki konuları 2-6 sayfalık bir pozisyon makalesi halinde hazırlamaları gerekmektedir. Çalıştayın bir AB projesi faaliyeti olması nedeniyle makalelerin İngilizce olarak ACL formatında (www.multisaund.eu/calistaytr.php) hazırlanıp 19 Eylül 2011 tarihine kadar e-posta yolu ile Mehmet Uğur Doğan'a (mugur@uekae.tubitak.gov.tr) iletilmesi gerekmektedir. Pozisyon makaleleri incelendikten sonra Türkçe konuşma ve dil teknolojilerinin günümüzdeki durumunu yansıtacak bir taslak bildiri hazırlanarak katılımcılarla çalıştay sırasında değerlendirilecektir. Pozisyon makalelerini içeren kitapçık çalıştay başlangıcında katılımcılara basılı olarak verilecek ve çalıştay için hazırlanan internet sayfasında yer alacaktır. Etkinlikte TÜSSİDE'nin koordine edeceği "eğlenerek analiz ve değerlendirme yöntemleri" uygulanacak ve sosyal faaliyetlerle katılımcıların keyif alarak fikir üretebilmeleri ve görüş alışverişi yapabilmeleri sağlanacaktır.

Güzel bir çalıştay olduğunu düşüyorum başlangıç noktası olması açısından. Devamının geleceğini umud ediyorum.

Web İntihar Makinesi - Web 2.0 Suicide Machine

    Bazı kimselerin, kontrolü, sanal hayata kaptırdıklarını düşünür hale gelmeleri fikrinden yola çıkan Gordan Savicic, insanların sosyal paylaşım sitelerinden kopmaları için yeni bir hizmet sunmaya başlamış.
    Merkezi Hollanda'da olan Web 2.0 Suicide Machine (web intihar makinesi) kullanıcının internet hesaplarına giriyor ve her bir arkadaşınızı, her bir ileti ya da mesajınızı elden geçirip sanal ortamda bıraktığınız tüm izleri tümden siliyor.
Savicic'in sunduğu hizmet, büyük rağbet görmüş. Şimdiye kadar 90 bin talep gelmiş ve hizmetten yararlanmak için bekleme süresi bir ay.
     Gordan Savicic, "İnsanların egolarını aşırı düzeyde sergilediklerini düşünüyorduk. Bir tür avatar kişilik gibiydi yarattıkları. Tekrar gerçek insan olabilmek için sanal ortamdaki o kişiliklerini öldürme isteğini dile getirmeye başlamıştı bazı kimseler." diyor.

    'Web intihar makinesi' internetteki varlığınızı tamamen temizlemeyi vaad ediyor. Dolayısıyla, sorun, özel hayata ait ayrıntıların dış dünyadan korunmasının da ötesine geçiyor.Savicic'e göre, ekrandaki profillerimizi yenilemek ve sanal dost çevrelerimizi genişletmek için internette giderek daha fazla zaman harcadıkça, gerçek dostlarımızla gerçek iletişim kurma zamanımız azalıyor.

     "İnsanlar bilgisayar önünde çok fazla zaman harcadıklarını anladıklarından sanal ortamda yayımladıkları profillerden kurtulma ihtiyacı duymaya başladılar. Temel olarak eski yaşamlarına dönmek istiyorlar." diyor Gordan Savicic.

kaynak: http://www.bbc.co.uk/turkce/haberler/2010/09/100916_online_life.shtml

Matlab- Hücresel dizi içinde arama (find in cell array)

hücresel bir matlab dizi içinde bir karakter topluluğunun(string) olup olmadığını bulmak için matlabda şu işlemler geçerli:


id: bir cell array
x= find(ismember(id, 'stringAranacak')==1);
if isempty(x)==0
%bulundu ise yapılacak işlemler buraya
end

not: cell arrayden okuma yaparken () ve {} kullanımına göre dönen sonuç değişiyor.

c=cell(n,4)

% 1-sonuç bir cell array olarak dönüyor
>>c(1,:)
ans =
'Gender' 'population' 'Geographic origin' 'Region'

%2-herbir hücrenin değeri dönüyor. Atama yaparken ilk hücre değeri atanıyor.
>>c{1,:}

ans =
Gender

ans =
population

ans =
Geographic origin

ans =
Region

>>t=c{1,:}

t =
Gender

Biyoenformatik Akademik Dergi

Biyoenformatik konusunda akademik gelişmeleri takip etmek için aşağıdaki dergilerin hatırlatma listesine kayıt olmakta fayda var.

Bir hocamız haftada 2 saat bu dergilerde son yayınlanan çalışmalara bakıyorum, literatürü takip ediyorum demişti. Bende bunu yapmaya başladım. Biraz biraz aşinalık kazandım bu alana.

İşte degiler:

•BMC Bioinformatic
•Bioinformatics
•PLOS Genetics
•PLOS Computational Biology